Η Μαργαρίτα Πουρνάρα γεννήθηκε στην Αθήνα. Σπούδασε Γαλλική Φιλολογία στην Αθήνα και έκανε μεταπτυχιακά στο Communications Policy στην Βρετανία. Το 2009 έγινε υπότροφος του Ιδρύματος Fulbright εκπονώντας έρευνα στο Queens College της Νέας Υόρκης. Άρχισε να εργάζεται ως δημοσιογράφος το 1994. Έκτοτε έχει δουλέψει στο ραδιόφωνο, την τηλεόραση, τα έντυπα και το διαδίκτυο. Από το 1999 εντάχθηκε στο πολιτιστικό τμήμα της εφημερίδας Καθημερινή. Το 2017 απέκτησε μόνιμη στήλη στην ίδια εφημερίδα. Τα τελευταία χρόνια ειδικεύεται στις ζωντανές συνεντεύξεις με κοινό σε χώρους όπως το Βιβλιοπωλείο Ιανός, αλλά και σε ειδική σειρά πολιτιστικών εκδηλώσεων της Τράπεζας της Ελλάδος.
Το 2020 εκδόθηκε το λεύκωμα «Σαντορίνη – Εικόνες μιας άλλης Εποχής», ένα ιδιαίτερο βιβλίο με φωτογραφίες του Robert Α. McCabe και κείμενα της Μαργαρίτας Πουρνάρα. Στο φωτογραφικό και συνάμα ιστορικό λεύκωμα «Σαντορίνη Εικόνες μιας άλλης εποχής» αποτυπώνεται η παλιά Σαντορίνη μέσα απ το φακό του Robert A. McCabe ενώ στα κείμενά της η Μαργαρίτα Πουρνάρα ξετυλίγει τις αναμνήσεις της από την ιστορία της οικογένειάς της στο νησί, περιγράφει τον τρόπος ζωής των κατοίκων, τις κύριες ασχολίες τους και τη γεωλογία του νησιού επισημαίνοντας την προσωπικότητα του ηφαιστείου ως ένα «ταξίδι στον γεωλογικό χρόνο και την σημαντικότητα της Σαντορίνης» μέσα απ την συνέντευξη της Εύης Νομικού. Ενώ δεν μπορούσαν να λείπουν απ αυτό το λεύκωμα οι αναμνήσεις του φωτογράφου Robert A. McCabe για την Σαντορίνη που βίωσε και γνώρισε στην αγνότητα της, την σχέση του με τους κατοίκους της και τις μνήμες που μένουν αναλλοίωτες παρά το πέρασμα των χρόνων.
Το 2022 η Μαργαρίτα Πουρνάρα έγραψε το βιβλίο «ΑΔΡΙΑΣ –Ήταν όλοι τους ήρωες» μια εντυπωσιακή βιογραφία του θρυλικού αντιτορπιλικού και του πληρώματός του, που εκδόθηκε από την ΑΜΚΕ «ΚΥΚΛΩΨ».